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美国国家航空航天局( NASA)飞往太阳系天体的太空行动要能够维持生命，或者可能要维持处于基本进化状态的生命，对于太空船表面上的最大孢子数有严格的限制要求；随着洁净室规程效率的提高，这些限制等级很可能会慢慢地降低。当然其它航空类的洁净室要求也基本上差不多。
 
几项前景看好的技术可以帮助承包商降低孢子数，达到可接受的水平，快速测定微生物，并确定飞船微生物的详细基因组。NPR 8020.12 允许采用其他方法替代125°C干热灭菌，只要程序和质量控制得到 NASA 行星保护官方( PPO )批准。然后，这些方法就会在得到批准的 PP(行星保护)计划中被列出。通过引用规格数字，飞行器硬件图纸可以采用这些独特的微生物减量方法。微生物屏障可用于防止先前经过消毒的区域被重复污染；至少 1,244Pa ( 5英寸水柱 )的压力才能满足防止微生物入侵的需要。高效空气过滤器 HEPA (0.3 ?m，效率99.97% )也是一种公认的高效微生物屏障。NASA要求航天飞船的装配要在最低限度为 ISO 8 级( Fed. Std. 209E Class 100,000 )的洁净室中进行。
 
对于一个火星登陆任务，整个航天飞船所能允许的最大孢子数为 300,000 (或<300个细菌芽孢/m2)；所有的其它目标仍然有一个边坡稳定性概率(probabilistic )要求。每个航天飞船的所有表面区域可以有 300,000个孢子的数量，适用于火星的非特殊区域(大多数表面)；而包括硬件内的有机体(如罐封胶囊)在内，总允许量为 500,000。海盗号以及其它接触“特殊区域”或寻找生命的航天飞船必须满足 300,000 的要求，并且通过干热灭菌将表面生物载荷降低到10,000，这意味着在飞船表面的所有可见孢子将不会超过30个。
 
多数的航空无尘室都有未知的微生物沉积率和表面微生物群体，通常并没有可立即投入使用的微生物实验室。当建造一个合适的微生物学实验室，以实施 NPR5340.1 时，PP 程序首先要做的是使它们的洁净室尽可能的无菌。为此可以建造一个临时实验室，使用 100 级( ISO 5级)洁净工作台，并设有台式恒温箱。采用市场上有售的沉降板（捕捉微生物辐射尘）和基于胰酶大豆琼脂（TSA）的接触板（测定洁净室表面），就可以完成对洁净室（包括热真空室，声学和振动设施），以及相关的设备的初步检测。这些程序主要是设计用来检测并计算异养菌、嗜温菌、好氧/厌氧微生物的数目的。最可能在太空和行星环境下存活下来的微生物有喜盐生物、某些品种的芽孢杆菌和极端微生物。